هدف پژوهش حاضر سنجش روابط علی بین رهبری معنوی و مدیریت کیفیت جامع در دانشگاه اصفهان و دانشگاه هرات بود. روش تحقیق توصیفی، از نوع همبستگی و جامعه آماری این پژوهش را کلیه کارکنان اداری دو دانشگاه در سال 96- 1395 تشکیل دادند. حجم نمونه بر اساس جدول کرجسی و مورگان (1970) و به روش طبقه‌ای متناسب با حجم تعداد 342 نفر محاسبه شد. ابزارهای جمع‌آوری اطلاعات دو پرسشنامه رهبری معنوی فرای (2005) و پرسشنامه مدیریت کیفیت فراگیر محقق ساخته بر اساس مطالعات مقیمی (1388) بودند. نتایج حاصل از تحلیل داده‌ها حاکی از آن بود، بین رهبری معنوی و مدیریت کیفیت جامع و مؤلفه‌های آن در هر دو دانشگاه رابطه مثبت و معناداری وجود دارد (05/0≥ p)؛ و رهبری معنوی در دانشگاه اصفهان 40 درصد و در دانشگاه هرات 31 درصد از تغییرات مربوط به مؤلفه‌های مدیریت کیفیت جامع را پیش‌بینی می‌نماید. علاوه بر این، نتایج نشان داد بین استقرار رهبری معنوی در دو دانشگاه اصفهان و دانشگاه هرات تفاوت معناداری وجود دارد (96/1t≥؛ 05/0≥ p). همچنین میانگین نظرات پاسخگویان در خصوص مدیریت کیفیت جامع نشان‌دهنده آن بود که تنها از لحاظ مؤلفه مشتری مداری تفاوت دو دانشگاه معنادار بوده و میانگین این مؤلفه در دانشگاه اصفهان بیشتر از دانشگاه هرات بوده است (09/4, f= 05/0≥ p). نتایج مدل یابی معادلات ساختاری نیز نشان داد که رهبری معنوی با ضریب مسیر 70/0 قادر به تأثیرگذاری بر مدیریت کیفیت فراگیر می‌باشد (96/1t≥؛ 05/0P≤).